De innovatiebox verlaagt het effectieve belastingtarief van de vennootschapsbelasting voor winst uit innovatieve activiteiten. De innovatiebox is bedoeld voor ondernemingen die in Nederland reële en innovatieve activiteiten ontplooien. De innovatiebox is niet bedoeld voor in het buitenland ontwikkelde immateriële activa die met activiteiten van beperkte omvang hierheen worden verplaatst omdat hier voor de winst die wordt behaald met dat activum een laag tarief geldt. In aanvulling op de bestaande criteria voor toegang tot de innovatiebox wordt de zogenaamde nexusbenadering toegevoegd. In deze benadering vormen de uitgaven voor de ontwikkeling van immateriële activa een indicatie voor de aanwezigheid van substantiële activiteiten van de ondernemer.

Wanneer een gedeelte van de uitgaven verband houdt met het uitbesteden van speur- en ontwikkelingswerk (S&O) aan verbonden vennootschappen komt een daarmee corresponderend deel van de voordelen niet in aanmerking voor de innovatiebox. Het voor de innovatiebox kwalificerende voordeel wordt bepaald door de uitgaven voor een immaterieel activum verminderd met de uitgaven voor uitbesteed ontwikkelingswerk te vermenigvuldigen met 1,3 en te delen door de totale uitgaven voor het immateriële activum. De uitkomst van deze berekening wordt gebruikt als vermenigvuldigingsfactor voor de voordelen die worden behaald met het voor toepassing van de innovatiebox kwalificerende immateriële activum. De vermenigvuldiging met de factor 1,3 kan niet tot gevolg hebben dat de kwalificerende voordelen groter zijn dan de werkelijk behaalde voordelen.

Voorbeeld
De totale uitgaven voor een kwalificerend immaterieel activum bedragen 1.560. Daarvan heeft 800 betrekking op eigen S&O, 200 op aan derden uitbesteed S&O en 560 op uitbesteding van S&O aan verbonden vennootschappen. Met het activum wordt een bedrag van 1.200 aan netto voordelen behaald. De kwalificerende uitgaven zijn 1,3 maal 800 plus 200, is 1.300. De totale uitgaven zijn 1.560. De kwalificerende voordelen bedragen dan: 1.300/1.560×1.200=1.000. Dit bedrag komt in aanmerking voor de innovatiebox.

Instroom innovatiebox
Grotere belastingplichtigen moeten straks niet alleen over een S&O-verklaring beschikken. Zij moeten voor het activum of voor daarmee samenhangende activa over een octrooi, een exclusieve licentie of een kwekersrecht beschikken of moeten deze hebben aangevraagd, tenzij het activum bestaat uit programmatuur. Grotere belastingplichtigen hebben gemiddeld over een periode van vijf jaar een netto groepsomzet behaald van meer dan € 50 miljoen per jaar (€ 250 miljoen over 5 jaar) of hebben meer dan € 7,5 miljoen per jaar (€ 37,5 miljoen over 5 jaar) aan bruto voordelen behaald uit innovatieve activa.

Berekeningsmethodiek
De manieren, waarop de voordelen die worden behaald met een immaterieel activum, worden berekend, worden in de wet vastgelegd. Het gaat om economische benaderingen als de afpelmethode en de kostengerelateerde methode.

Administratie
De administratieverplichtingen bij toepassing van de innovatiebox worden uitgebreid. Uit de administratie moeten blijken:

• het bezit van een of meer kwalificerende immateriële activa,
• wat de omvang is van de voordelen uit deze immateriële activa,
• de meest passende methode voor het bepalen van de voordelen uit deze immateriële activa, en
• de omvang van de uitgaven voor de ontwikkeling van de kwalificerende immateriële activa, uitgesplitst naar uitgaven voor het uitbesteden van S&O binnen de groep en overige uitgaven.

Deze aanvullende verplichting geldt alleen voor boekjaren die op of na 1 januari 2017 aanvangen.

Overgangsrecht
Voor immateriële activa die voor 1 juli 2016 zijn voortgebracht geldt overgangsrecht als in het boekjaar waarin 30 juni 2016 valt is gekozen voor toepassing van de innovatiebox. De oude regeling blijft dan van toepassing tot en met uiterlijk 30 juni 2021.
Ook is er overgangsrecht voor activa die vóór 1 januari 2017 zijn ontwikkeld en waarvoor wel een octrooi of kwekersrecht is verleend, maar geen S&O-verklaring is afgegeven. Deze activa worden aangemerkt als kwalificerende immateriële activa. Het overgangsrecht geldt ook als het octrooi of het kwekersrecht pas na 1 juli 2016 is verleend. Dergelijke activa kwalificeren voor het nieuwe regime als het octrooi of kwekersrecht is verleend.

Gevolgen voor bestaande vaststellingsovereenkomsten
Alle bestaande vaststellingsovereenkomsten voor de toepassing van de innovatiebox kennen de mogelijkheid van ontbinding bij relevante wetswijzigingen. Voor kleinere belastingplichtigen verandert er weinig. Daarom zal onder voorwaarden geen beroep worden gedaan op de ontbindende voorwaarde in de bestaande vaststellingsovereenkomst. Voor grotere belastingplichtigen heeft de aanpassing van de innovatiebox mogelijk meer gevolgen. De Belastingdienst streeft ernaar om waar nodig tijdig een nieuwe overeenkomst te sluiten.